R语言实战第2版

dy部分 入门

dy 章 R语言介绍 3

1.1 为何要使用R 4

1.2 R的获取和安装 6

1.3 R的使用 6

1.3.1 新手上路 7

1.3.2 获取帮助 10

1.3.3 工作空间 10

1.3.4 输入和输出 12

1.4 包 13

1.4.1 什么是包 14

1.4.2 包的安装 14

1.4.3 包的载入 14

1.4.4 包的使用方法 14

1.5 批处理 15

1.6 将输出用为输入：结果的重用 16

1.7 处理大数据集 16

1.8 示例实践 16

1.9 小结 18

第2章 创建数据集 19

2.1 数据集的概念 19

2.2 数据结构 20

2.2.1 向量 21

2.2.2 矩阵 22

2.2.3 数组 23

2.2.4 数据框 24

2.2.5 因子 27

2.2.6 列表 28

2.3 数据的输入 30

2.3.1 使用键盘输入数据 31

2.3.2 从带分隔符的文本文件导入数据 32

2.3.3 导入Excel数据 35

2.3.4 导入XML数据 36

2.3.5 从网页抓取数据 36

2.3.6 导入SPSS数据 36

2.3.7 导入SAS数据 37

2.3.8 导入Stata数据 37

2.3.9 导入NetCDF数据 38

2.3.10 导入HDF5数据 38

2.3.11 访问数据库管理系统 38

2.3.12 通过Stat/Transfer导入数据 40

2.4 数据集的标注 40

2.4.1 变量标签 40

2.4.2 值标签 41

2.5 处理数据对象的实用函数 41

2.6 小结 42

第3章 图形初阶 43

3.1 使用图形 43

3.2 一个简单的例子 45

3.3 图形参数 46

3.3.1 符号和线条 47

3.3.2 颜色 49

3.3.3 文本属性 50

3.3.4 图形尺寸与边界尺寸 51

3.4 添加文本、自定义坐标轴和图例 53

3.4.1 标题 54

3.4.2 坐标轴 54

3.4.3 参考线 56

3.4.4 图例 57

3.4.5 文本标注 58

3.4.6 数学标注 60

3.5 图形的组合 61

3.6 小结 67

第4章 基本数据管理 68

4.1 一个示例 68

4.2 创建新变量 70

4.3 变量的重编码 71

4.4 变量的重命名 72

4.5 缺失值 74

4.5.1 重编码某些值为缺失值 74

4.5.2 在分析中排除缺失值 75

4.6 日期值 76

4.6.1 将日期转换为字符型变量 77

4.6.2 更进一步 78

4.7 类型转换 78

4.8 数据排序 79

4.9 数据集的合并 79

4.9.1 向数据框添加列 79

4.9.2 向数据框添加行 80

4.10 数据集取子集 80

4.10.1 选入（保留）变量 80

4.10.2 剔除（丢弃）变量 81

4.10.3 选入观测 82

4.10.4 subset()函数 82

4.10.5 随机抽样 83

4.11 使用SQL语句操作数据框 83

4.12 小结 84

第5章 高级数据管理 85

5.1 一个数据处理难题 85

5.2 数值和字符处理函数 86

5.2.1 数学函数 86

5.2.2 统计函数 87

5.2.3 概率函数 90

5.2.4 字符处理函数 92

5.2.5 其他实用函数 94

5.2.6 将函数应用于矩阵和数据框 95

5.3 数据处理难题的一套解决方案 96

5.4 控制流 100

5.4.1 重复和循环 100

5.4.2 条件执行 101

5.5 用户自编函数 102

5.6 整合与重构 104

5.6.1 转置 104

5.6.2 整合数据 105

5.6.3 reshape2包 106

5.7 小结 108

第二部分 基本方法

第6章 基本图形 110

6.1 条形图 110

6.1.1 简单的条形图 111

6.1.2 堆砌条形图和分组条形图 112

6.1.3 均值条形图 113

6.1.4 条形图的微调 114

6.1.5 棘状图 115

6.2 饼图 116

6.3 直方图 118

6.4 核密度图 120

6.5 箱线图 122

6.5.1 使用并列箱线图进行跨组比较 123

6.5.2 小提琴图 125

6.6 点图 127

6.7 小结 129

第7章 基本统计分析 130

7.1 描述性统计分析 131

7.1.1 方法云集 131

7.1.2 更多方法 132

7.1.3 分组计算描述性统计量 134

7.1.4 分组计算的扩展 135

7.1.5 结果的可视化 137

7.2 频数表和列联表 137

7.2.1 生成频数表 137

7.2.2 独立性检验 143

7.2.3 相关性的度量 144

7.2.4 结果的可视化 145

7.3 相关 145

7.3.1 相关的类型 145

7.3.2 相关性的显著性检验 147

7.3.3 相关关系的可视化 149

7.4 t 检验 149

7.4.1 独立样本的t 检验 150

7.4.2 非独立样本的t检验 151

7.4.3 多于两组的情况 151

7.5 组间差异的非参数检验 152

7.5.1 两组的比较 152

7.5.2 多于两组的比较 153

7.6 组间差异的可视化 155

7.7 小结 155

第三部分 中级方法

第8章 回归 158

8.1 回归的多面性 159

8.1.1 OLS回归的适用情境 159

8.1.2 基础回顾 160

8.2 OLS回归 160

8.2.1 用lm()拟合回归模型 161

8.2.2 简单线性回归 163

8.2.3 多项式回归 164

8.2.4 多元线性回归 167

8.2.5 有交互项的多元线性回归 169

8.3 回归诊断 171

8.3.1 标准方法 172

8.3.2 改进的方法 175

8.3.3 线性模型假设的综合验证 181

8.3.4 多重共线性 181

8.4 异常观测值 182

8.4.1 离群点 182

8.4.2 高杠杆值点 182

8.4.3 强影响点 184

8.5 改进措施 186

8.5.1 删除观测点 186

8.5.2 变量变换 187

8.5.3 增删变量 188

8.5.4 尝试其他方法 188

8.6 选择“ ”的回归模型 189

8.6.1 模型比较 189

8.6.2 变量选择 190

8.7 深层次分析 193

8.7.1 交叉验证 193

8.7.2 相对重要性 195

8.8 小结 197

第9章 方差分析 198

9.1 术语速成 198

9.2 ANOVA模型拟合 201

9.2.1 aov()函数 201

9.2.2 表达式中各项的顺序 202

9.3 单因素方差分析 203

9.3.1 多重比较 204

9.3.2 评估检验的假设条件 206

9.4 单因素协方差分析 208

9.4.1 评估检验的假设条件 209

9.4.2 结果可视化 210

9.5 双因素方差分析 211

9.6 重复测量方差分析 214

9.7 多元方差分析 217

9.7.1 评估假设检验 218

9.7.2 稳健多元方差分析 220

9.8 用回归来做ANOVA 220

9.9 小结 222

dy 0章 功效分析 223

10.1 假设检验速览 223

10.2 用pwr包做功效分析 225

10.2.1 t检验 226

10.2.2 方差分析 228

10.2.3 相关性 228

10.2.4 线性模型 229

10.2.5 比例检验 230

10.2.6 卡方检验 231

10.2.7 在新情况中选择合适的效应值 232

10.3 绘制功效分析图形 233

10.4 其他软件包 235

10.5 小结 236

dy 1章 中级绘图 237

11.1 散点图 238

11.1.1 散点图矩阵 240

11.1.2 高密度散点图 242

11.1.3 三维散点图 244

11.1.4 旋转三维散点图 247

11.1.5 气泡图 248

11.2 折线图 250

11.3 相关图 253

11.4 马赛克图 258

11.5 小结 260

dy 2章 重抽样与自助法 261

12.1 置换检验 261

12.2 用coin包做置换检验 263

12.2.1 独立两样本和K 样本检验 264

12.2.2 列联表中的独立性 266

12.2.3 数值变量间的独立性 266

12.2.4 两样本和K 样本相关性检验 267

12.2.5 深入探究 267

12.3 lmPerm包的置换检验 267

12.3.1 简单回归和多项式回归 268

12.3.2 多元回归 269

12.3.3 单因素方差分析和协方差分析 270

12.3.4 双因素方差分析 271

12.4 置换检验点评 271

12.5 自助法 272

12.6 boot包中的自助法 272

12.6.1 对单个统计量使用自助法 274

12.6.2 多个统计量的自助法 276

12.7 小结 278

第四部分 高级方法

dy 3章 广义线性模型 280

13.1 广义线性模型和glm()函数 281

13.1.1 glm()函数 281

13.1.2 连用的函数 282

13.1.3 模型拟合和回归诊断 283

13.2 Logistic回归 284

13.2.1 解释模型参数 286